14. cobra package

14.1. Subpackages

• 14.1.1. cobra.core package
  • 14.1.1.1. Submodules
  • 14.1.1.2. cobra.core.arraybasedmodel module
  • 14.1.1.3. cobra.core.dictlist module
  • 14.1.1.4. cobra.core.formula module
  • 14.1.1.5. cobra.core.gene module
  • 14.1.1.6. cobra.core.metabolite module
  • 14.1.1.7. cobra.core.model module
  • 14.1.1.8. cobra.core.object module
  • 14.1.1.9. cobra.core.reaction module
  • 14.1.1.10. cobra.core.solution module
  • 14.1.1.11. cobra.core.species module
  • 14.1.1.12. Module contents
• 14.1.2. cobra.design package
  • 14.1.2.1. Submodules
  • 14.1.2.2. cobra.design.design_algorithms module
  • 14.1.2.3. Module contents
• 14.1.3. cobra.flux_analysis package
  • 14.1.3.1. Submodules
  • 14.1.3.2. cobra.flux_analysis.deletion_worker module
  • 14.1.3.3. cobra.flux_analysis.double_deletion module
  • 14.1.3.4. cobra.flux_analysis.gapfilling module
  • 14.1.3.5. cobra.flux_analysis.loopless module
  • 14.1.3.6. cobra.flux_analysis.moma module
  • 14.1.3.7. cobra.flux_analysis.parsimonious module
  • 14.1.3.8. cobra.flux_analysis.phenotype_phase_plane module
  • 14.1.3.9. cobra.flux_analysis.reaction module
  • 14.1.3.10. cobra.flux_analysis.sampling module
  • 14.1.3.11. cobra.flux_analysis.single_deletion module
  • 14.1.3.12. cobra.flux_analysis.summary module
  • 14.1.3.13. cobra.flux_analysis.variability module
  • 14.1.3.14. Module contents
• 14.1.4. cobra.io package
  • 14.1.4.1. Submodules
  • 14.1.4.2. cobra.io.json module
  • 14.1.4.3. cobra.io.mat module
  • 14.1.4.4. cobra.io.sbml module
  • 14.1.4.5. cobra.io.sbml3 module
  • 14.1.4.6. Module contents
• 14.1.5. cobra.manipulation package
  • 14.1.5.1. Submodules
  • 14.1.5.2. cobra.manipulation.annotate module
  • 14.1.5.3. cobra.manipulation.delete module
  • 14.1.5.4. cobra.manipulation.modify module
  • 14.1.5.5. cobra.manipulation.validate module
  • 14.1.5.6. Module contents
• 14.1.6. cobra.topology package
  • 14.1.6.1. Submodules
  • 14.1.6.2. cobra.topology.reporter_metabolites module
  • 14.1.6.3. Module contents
• 14.1.7. cobra.util package
  • 14.1.7.1. Submodules
  • 14.1.7.2. cobra.util.array module
  • 14.1.7.3. cobra.util.context module
  • 14.1.7.4. cobra.util.solver module
  • 14.1.7.5. cobra.util.util module
  • 14.1.7.6. Module contents

14.2. Submodules

14.3. cobra.config module

14.4. cobra.exceptions module

exception cobra.exceptions.DefunctError(what, alternative=None, url=None)

Bases: Exception

Exception for retired functionality

Parameters:

• what (string) – The name of the retired object
• alternative (string) – Suggestion for an alternative
• url (string) – A url to alternative resource

exception cobra.exceptions.FeasibleButNotOptimal(message)

Bases: cobra.exceptions.OptimizationError

exception cobra.exceptions.Infeasible(message)

Bases: cobra.exceptions.OptimizationError

exception cobra.exceptions.OptimizationError(message)

Bases: Exception

exception cobra.exceptions.Unbounded(message)

Bases: cobra.exceptions.OptimizationError

exception cobra.exceptions.UndefinedSolution(message)

Bases: cobra.exceptions.OptimizationError

14.5. Module contents